Stranger Than Heaven apuesta por el sistema de combate más brutal e intuitivo de RGG Studio. Los jugadores controlan a Makoto Daito moviendo su lado izquierdo y derecho de forma independiente, encadenando golpes, contraataques y derribos en tiempo real. A eso se suman cuchillos, martillos, katanas y más armas a lo largo de cinco épocas de violencia en el Japón de otra época.